加工貿易企業不可避免的會出現保稅料件在庫誤差，管理完善的企業也會少量的保稅料件理論在庫和實際在庫的誤差，但是誤差產生的正當理由可以得到海關認可。加工貿易管理越完善，賬冊的在庫誤差就越少，但是零誤差是不可能的。例如正常的盤庫誤差，細小的零件跌落造成的誤差，賬冊和實際生產不同步造成的誤差等原因都會造成上述少量的在庫誤差。
企業為了確保企業賬賬相符，賬實相符，至少每年會進行一次料件和成品盤點，這也是會計制度的要求。加工貿易企業的年終盤點時間和企業的賬冊核銷周期最好吻合，這樣做有兩個好處。第一是可以準確計算出保稅料件的理論在庫與實際在庫的誤差數量；第二是在盤點中發現的在庫誤差，可以在賬冊核銷時進行處理。
保稅料件的在庫誤差分為在庫短少和在庫盈余兩種。無論在庫短少和在庫盈余都要在提交給海關的核銷報告上解釋造成在庫誤差的原因，并提出企業的處理意見。
在庫短少的處理意見一般是辦理內銷補稅手續，而在庫盈余的處理意見一般是調整賬冊在庫，重新納入保稅料件管理。
只要海關認可在庫誤差產生的原因，并接受企業的處理意見，通過內銷補稅和賬冊調整后，在庫誤差清零，加工貿易賬冊的理論在庫和實際在庫就會達成一致。在此基礎上開始新的一輪賬冊核銷周期，只有這樣才不會造成在庫誤差常年累積。
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